대한민국 정부가 수립된 1948년에는 헌법에 의하여 국가의 수입, 지출에 대한 결산검사를 담당하는 심계원이 설치되고, 정부조직법에 의하여 공무원에 대한 감찰을 담당하는 감찰위원회가 설치됨으로써 감사제도가 그 틀을 갖추게 된다.

심계원과 감찰위원회가 설치, 운영된 이후, 1963년 3월 5일, 법률 제1286호로 제정된 감사원법에 의하여 심계원과 감찰위원회를 통합하여 1963년 3월 20일 감사원이 설치된다.

심계원은 제헌헌법 때부터 제5차 개헌 이전까지 국가 수입과 지출의 결산, 감사를 맡아보는 대통령 직속의 헌법기관이었다. 감사원의 전신으로 국가 수입과 지출의 결산·검사를 임무로 하였다. 1948년 7월 제정된 제헌 헌법에 따라 설치되었으나, 1961년 9월 5·16 군사정변 후 「국가재건비상조치법」에 의하여 「심계원법」이 새로 제정되었다. 이후 국가재건최고회의 소속이 되었으나, 1963년 1월 국가재건비상조치법의 개정으로 국가 또는 지방자치단체 행정기관의 사무와 공무원의 비리 등을 감찰하는 감찰위원회와 통합되었다. 이어서 1963년 12월부터 발효한 제5차 개정헌법도 심계원과 감찰위원회를 통합하여 감사원을 신설하였다. 현행 제9차 개정헌법에서도 감사원으로 하여금 전의 심계업무를 관장하게 하고 있다.

심계원의 조직은 최초의 심계원법에 의하여 원장 1인과 차장 1인을 합한 심계관 7인 이내로 구성된 심계관 회의와 사무총국으로 구성되었다. 원장은 심계원을 대표하고 심계관 회의의 의장이 되며 소속직원을 감독하였다. 심계원장의 임무에 대한 중요성이 인식되면서 신망이 있는 유자격자를 임명하고 직무상 독립성을 강화하기 위하여원장의 임명시 국회의 사후인준을 받도록 규정하였다.

심계관으로 임명되기 위해서는 엄격한 자격이 요구되었다. 최초의 심계원법에서는 심계관의 자격에 관하여 대통령령으로 정하도록 위임하였고, 이에 따라 대통령령 제56호로 심계관, 검사관 및 부검사관 자격규정을 제정하였다. 이 규정에 의하면 3급 이상의 공무원, 법관 또는 검찰관으로 4년 이상의 경험이 있는 자와 변호사나 기타 법관 또는 검찰관으로 10년 이상 경험이 있는 자 등을 심계관 임용자격으로 규정하였다.

심계관 회의는 매주 1회의 정기회의와 임시회의를 개최하였으며, 의장은 심계원장이 되었다. 의사는 다수결로써 결정하며 의장은 표결권과 가부동수의 경우 결정권을 가졌다. 그 후 1961년 개정된 심계원법에 의해, 정원 과반수의 출석과 출석심계관 과반수의 찬성으로 의결하도록 되었다.

감사원 《감사50년사》1998
감사원 홈페이지(www.bai.go.kr)