군 병원 기능은 상급종합병원, 종합병원, 정양(靜養)병원, 특수목적병원으로 재조정된다. 수도병원이 상급종합병원으로서의 역할을 하게 되며, 수도병원에는 중증외상센터도 건립된다. 군은 총상·화상·다발성 골절 등 군 중증환자를 치료하고 국가 대량재난에 대비해 국군수도병원 내 중증외상센터 설립을 추진해 왔다. 군 내 중증외상센터는 160병상(중환자 40, 일반 120) 규모로, 2015년 개원을 목표로하고 있다.
상급종합병원은 군 최고병원으로서 다빈도질환 진료종결의 기능을 담당하며, 종합병원은 외래, 수술, 입원환자 진료 제공 및 특성화가 가능한 진료과에 집중 투자할 계획이다. 대전, 양주, 홍천이 그 대상병원이 된다.
정양병원은 전문화된 재활 및 정양프로그램을 제공하며 재활치료를 위한 최소한의 외래진료 유지의 기능을 담당하며, 고양, 일동, 춘천, 강릉, 대구, 함평 등이 그 대상병원이다.
마지막으로 특수목적병원은 지역부대에 대한 외래진료 제공 및 각 부대의 고유목적에 따른 운영의 기능을 담당하며, 서울지구, 포항, 청평 해양의료원 등이 그 대상병원이 된다.
한편, 의료기관기능 재조정을 통한 장병상태 맞춤형 서비스를 제공할 예정이다. 국군대구병원이 정양(靜養)병원으로 명칭이 바뀌면서 기능이 재조정된다. 정양병원은 장병들이 수술이나 진료 후 정상생활이가능할 때까지 간호를 받으며 회복하는 힐링 요양병원이다. 전국 6개 지역에 설치된다. 이러한 군 보건의료 기관 설립은 군 의료서비스의 질 향상과 전문성 제고를 통한 군인들의 건강 및 질병관리 및 삶의 질 향상에 의미가 있다.