국립수목원이 자리한 광릉숲은 조선조 제7대 세조대왕이 묻힌 광릉의 부속림 중 일부로 500여년이상 황실림으로 엄격하게 관리를 해오다 한일합방 후인 1911년 국유림 구분조사시에 능묘 부속지를 제외한 지역을 "갑종요존예정임야"에 편입시켰는데, 이것이 오늘날의 숲이 되었다. 1913년에는 이 숲을 임업시험림으로 지정하여 묘포가 설치되었고, 1929년에는 임업시험장 광릉출장소가 설치되어 숲을 관리하였으며, 1976년 1월에는 출장소가 임업시험장 중부지장으로 승격되었다.
그 후 1983년부터 1987년까지 수목원을 조성하고, 산림박물관을 건립하여, 1987년 4월 5일부터 일반인들에게 공개하기 시작하였다. 이후1989년에는 산림욕장을 개장하였고, 이어서 1991년에는 산림동물원을 개원하여 산림에 대한 대국민 홍보에 지대한 역할을 하여 왔으나, 숲의 보존이 무엇보다도 큰 문제로 제기되면서 1997년부터는 산림욕장을 폐쇄하였으며, 주말과 공휴일에는 입장을 제한하고 5일전 예약제를 도입하여 1일 입장객을 5,000명 이하로 한정하였다. 또한 식물자원의 확보가 세계적인 관심사로 대두되면서, 이에 대처하기 위하여 1999년 5월 24일에는임업연구원 중부임업시험장 수목원과를 산림청 국립수목원으로 신설, 개원하였다.또한 산림생물연구의 기초가 되는 표본의 수집·보존과 연구를 위해 2003년 11월 7일에 산림생물표본관을 개관하였다.