국립환경과학원은 1978년 환경업무를 전담 수행하는 독립연구기관으로 보건사회부(현 환경부)소속 국립환경연구소(1과 5담당관, 44명)로 출범하였으며, 국립환경연구원(1986년)을 거쳐 2005년 7월 새로운 환경문제에 대응할 수 있는 유연한 연구체계 구축강화를 위하여 매체별 연구조직을 매체 통합적 연구조직으로 개편한 신규 기관으로 출범하였다.

재편과정에서 대기연구부, 물환경연구부, 자원순환연구부를 비롯한 기존의 5개 연구부가 환경진단연구부, 환경보건안전부, 자연생태부, 환경총량관리연구부, 환경측정기준부로 개편되어 매체통합적 환경연구를 통해 효과적이고 과학적인 환경정책 대안연구를 수행할 수 있는 체제로 전환하였으며, 지구환경연구소, 교통환경연구소, 4대강물환경연구소를 설치하여 전문화·특성화 연구를 수행할 수 있도록 하였다.

1. 환경진단 연구
환경정책의 입안, 시행 및 과학적·기술적 지원을 위한 환경정책지원연구의 일환으로 대기, 하천, 먹는물, 폐기물, 토양 등 다양한 분야에서 환경기준 및 개선방법 등을 연구하고 있다.

2. 환경보건안전 연구
실내공기질, 유해화학물질 등의 건강영향을 규명하고 예방하기 위하여 화학물질의 환경에 대한 유해성 및 위해성을 평가하고 환경성질환의 예측 예방을 위한 조사를 수행하고 있으며 제품에서의 환경유해물질 안전처리 및 관리방안을 연구하고 있다. 또한 환경 중 미생물학적 기준 및 시험방법, 미생물의 특성 및 오염에 관해 조사연구 외에 실내 오염물질의 위해성에 대해 연구하고 있다.

3. 자연생태 연구
경관생태과에서는 전국의 자연환경 및 자연경관에 대하여 기초 생태계 및 각종 우수생태계를 조사하고 있으며 생태복원과에서는 멸종위기종 등 야생동식물 보전 및 서식환경 관리 등을 통하여 국가생물다양성 보전 방안을 연구하고 있다. 또한 유해생물과에서는 생태계교란 야생동식물과 유해야생동물로부터 생태계 보전 방안을 연구하고 있다.

4. 환경총량관리 연구
대기총량관리 연구의 일환으로 대기총량관리 및 정책지원을 연구하고 대기정책지원시스템 구축·운영하고 있으며 수질 총량관리를 위하여 관련 제도 및 기술적 사항을 검토·연구하고, 수질오염총량관리를 위한 정보체계를 구축·운영하고 있다.

5. 환경측정기준 연구
측정기준연구과에서는 환경측정분석기관에 대한 숙련도 및 현장정도관리 능력 등을 평가하고 있으며 공정시험방법을 제, 개정하고 측정분석 결과의 국제적 신뢰도 제고 및 동등성 확보를 위해 노력하고 있다. 또한 유기물질 분석과와 무기물질 분석과에서는 미량의 유기 및 무기화학물질까지 분석할 수 있는 기술 및 방법을 개발하고 있다.

6. 지구환경 연구
국립환경과학원 지구환경연구소는 한반도 온실기체 농도 추세, 대기오염물질의 이동·확산, 지구온난화물질에 대한 영향평가 및 저감 방안 등 범지구적인 환경문제를 연구하고 있다.

7. 교통환경 연구
교통환경연구소는 이동오염원 대기오염물질에 대하여 배출계수 개발, 측정방법, 관리제도 등을 조사·연구하고 자동차 배출가스 및 소음에 관한 인증시험을 검사하며 경유차 배출가스저감장치 및 저공해엔진 성능을 평가하고 있다.

8. 4대 강물환경 연구
4대강물환경연구소에서는 물환경 특성을 모니터링하여 과학적 물환경관리 자료를 확보하고자 노력중이며 수질오염물질 배출원 및 오염도, 수중생태계 보전 및 복원 방안 등을 조사·연구하고 있다.

국립환경과학원 (http://www.nier.go.kr)
《환경백서》, 2006