감사결과 다음과 같은 문제점이 나타났다.
1) 도시계획의 기본운영체계에 따라 지하도개발계획을 수립, 시행하지 아니하고 사업을 시행할 때 단편적으로 도시계획 시설을 결정함으로써 다른 도시계획 사업과 연계되지 아니하고 보도의 단절화 현상을 빚고 있었다.
2) 지하도개발이 투자자의 수익을 위주로 하는 상가시설 중심으로 개발되어 인구집중과 교통난을 가중시키는 요인이 되었고, 또 지하도를 개발할 때 시민들의 휴식시설과 주차장 등 공공시설을 전혀 확보하지 아니하는 경우가 많았다.
3) 사업자 선정기준이 마련되지 아니하여 특정인에 대한 특혜를 줄 소지가 있었고 자격요건이나 허가조건을 정하지 아니하고 사업자를 선정함으로써 재력이 없는 영세업자가 지하도 개발에 대거 참여하는 결과를 초래하였다. 38개 사업자 중 31개업체(81%)가 자기자본 1억원 미만이었고, 22개업체(58%)가 자기자본 1천만원 미만의 영세투자가였다.
4) 상가분양방법과 시기를 규제하지 않아 분양방법이 각기 다르고 준공전에 분양한 경우도 있었다. 상인들로부터 받을 수 있는 임대보증금의 징수한도를 정하지 않아서 임대보증금을 공사비보다 많이 받거나 사업자가 자금을 다른 목적에 사용하는 등으로 부도가 발생하여 사회적 물의를 일으킨 경우도 있었다.
5) 지하시설물의 유지관리 책임이 있는 관리회사는 영리에 급급하여 관리에 소홀한 경향이 있었다. 한편 시설물관리 감독책임이 있는 허가관청의 경우 통로, 시장, 소방시설 등에 따라 관리감독 담당부서가 달라 종합적인 관리·감독이 미흡하였다. 시설물에 대한 안전도검사나 필요한 보수를 하지 않은 상태에서 수허가자가 시설물관리권을 상인조합 등으로 구성된 관리회사에 양도하는 것을 인가하여 하자가 발생할 경우 하자보수를 제대로 받기 어려운 실정에 있었다.
이에 대하여 내무부, 건설부, 서울특별시 등 관계기관에 다음과 같이 개선책을 제시하였다.
1) 토지이용 증대와 지하공간의 입체적 활용을 위한 종합적인 지하도개발계획을 수립하고 다른 도시계획시설과 연계하여 합리적으로 집행하도록 하며
2) 이 사업은 가급적 공공개발로 하되 부득이 민자를 유치할 경우에도 공익에 위배되지 않은 한도 내에서 개발할 것 등이었다.