이러한 남북관계의 진전에 따라 군도 남북관계의 지속적인 발전을 위해 군사적 긴장완화와 신뢰구축을 위한 정부의 대북화해 및 협력정책을 지원하기 위한 제반 노력을 다했다. 그러한 결과가 남북간 군사적 신뢰구축 및 긴장완화를 위한 실천적 조치를 마련하기 위한 남북 군사회담을 시도하는 계기가 되었다.

이러한 남북간의 회담이 군사회담의 주류를 이루어왔는데, 그 결과 경의선. 동해선 철도와 도로 연결작업의 군사적 보장을 합의하기도 했다. 남북철도.도로연결사업은 남북간 교.협력사업에 대한 쌍방 군사당국의 지원선례가 되었다.

이러한 남북간의 접촉 하에 2000년 9월 11일 김용순 특사의 서울 방문에 동행한 박재경 대장을 통해 남북국방장관회담의 조속한 개최를 제의한 결과, 북한측이 9월 13일 김일철 인민무력부장이 조성태 국방부장관 앞으로 서한을 보내오면서 남북쌍방은 9우러 13일부터 18일까지 4회에 걸친 서신교환을 통해 회담 일정, 장소, 의제 등에 합의하고, 2000년 9월 25일부터 26일까지 제주도에서 제1차 남북국방장관회담을 개최한 것이다. 2007년 10월 현재, 제1차 회담 이후 제2차 국방장관회담은 열리지 않고 있다.

남북 군사회담에서 군사실무회담도 매우 중요한 위치를 차지한다. 이 회담은 제1차 남북국방장관회담에서 합의한 바에 따라, 2000년 10월 7일 북측에 '10월 13일 판문점 우리측 지역인 평화의 집에서 제1차 남북군사실무회담의 개최'를 제의하자, 이에 따라 북측에서 유엔사측과 협의를 주장하여 그해 10월 18일부터11월 16일까지 4차례의 군사정전위 비서장급회의를 통해비무장지대 일부 구역을 개방하여 남과 북의 관리구역으로 하는 데 합의한 것이다. 그리고 11월 17일 유엔사와 북한군은 제12차 판문점 장성급회담에서 '비무장지대 일부구역 개방에 대한 국제연합군과 북한군간 합의서'를 채택했다.

이로써 경의선 철도.도로연결을 위한 비무장지대내 일부구역 개방과 관련한 관리구역 설정 및 군사적, 기술적 문제를 남북이 직접 협의하여 처리하기 위한 합법적 기반이 마련되었다. 유엔사와 북측간 동 합의서가 발효된 이후, 남북쌍방은 2000년 11월 28일 판문점 북측지역 통일각에서 김경덕 준장을 수석대표로 한 남측대표단 5명과 유영철 대좌를 대표단장으로 하는 북측대표단 5명이 참석한 가운데 제1차 남북군사실무회담을 개최하였다.

남북군사회담은군사적 긴장완화와 신뢰구축을 위해 군사당국자간의 회담 및 남북 교류․협력사업의 군사적 지원을 견인한 실무회담으로서 2004년 기준 총 19차례의 접촉을 통해 남북간 철도․도로의 연결이라는 공동의 목표를 위한 군사적 협력방안을 도출하는 데 중요한 성과를 이루었다.