행정영역이 확대됨에 따라 각 행정기관은 다양한 목적으로 기업에 대한 각종 행정조사를 도입․운영하고 있다. 행정조사는 법령의 실효성 확보 등을 위해 불가피한 측면이 있으나, 기업 활동의 애로요인으로 작용하고 유사․동일한 사안에 대하여 여러 부처가 중복적인 조사를 실시하고 있어 피조사자의 부담을 가중시키고 있다. 행정조사의 요건이 불명확하여 예측가능성이 낮고, 적법절차 등 통제장치가 미흡하여 국민의 권리를 침해할 우려가 있다. 그동안 기업에 대한 각종조사가 행정 편의적으로 이루어져 투명성과 객관성이 부족하고 중복된 경우가 많다는 지적이 지속적으로 제기되었다.

(1) 현황 및 문제점
주요부처의 경우 소관 137개의 법률에 의거하여 총 160 종류의 행정조사를 운영하고 있고, 법령에 근거하지 않고 각 부처의 훈령․지침 등으로 운영되고 있는 행정조사도 다수 존재한다. 행정조사는 정책입안 등을 위한 단순 실태조사, 관리감독권 행사, 법령 위반확인, 행정처분을 위한 사실 확인 등 다양한 목적과 형태로 실시되고 있다. IT기술의 발달로 민간․정부기관 간 정보유통이 촉진되고 기업에 대한 감시 장치의 확대로 규제의 자율준수 의식이 높아지고 있으나, 관주도의 행정조사 관행이 지속되고 업체 자율관리 시스템으로의 전환 노력이 부족하다. 조사 자료의 공동 활용이 미흡하고 부처․지방자치단체 간 역할이 불명확하여 유사․동일한 사항에 대한 중복조사가 만연하다는 점도 문제로 지적되고 있다. 석유화학업체의 경우「에너지이용합리화법」,「고압가스안전관리법」,「전기사업법」,「소방법」등에 의거 연간 총 40회(약 80일)의 행정조사가 이루어지기도 했다. 각 법령상 행정조사의 사유, 대상 및 내용 등 행정조사요건이 명확하지 않고 포괄적으로 규정되어 있으며, 업무에 대한 관리감독, 법령정비, 실효성 있는 정책 수립의 목적이 아닌 법위반 여부의 확인과 위반에 대한 제재를 위해 운영되고 있는 경우가 대부분이다. 행정조사는 자료요구, 출입․검사 등을 통해 업체에 부담을 주게 되나, 무분별한 행정조사에 대한 통제장치도 미흡한 실정이다.

(2) 개선방안
행정조사제도의 개선을 위해서는 

첫째, 기업 자율관리 시스템을 구축할 필요가 있다. 행정환경 변화에 맞추어 각 행정조사의 조사사항을 피조사자가 자체적으로 조사하여 보고하는 자율신고 제도를 도입하고, 규제준수 상황을 상시 체크할 수 있도록 업체와 행정기관 간 온라인 모니터링 시스템을 구축하며, 규제준수가 우수한 기업에 대해서는 일정기간 행정조사 면제, 조사주기 완화 등 자율준수에 따른 인센티브를 확대하는 것이 바람직하다.

둘째, 중복조사의 개선이 요구된다. 조사대행 전문기관을 지정하여 중복조사를 축소하고 조사의 전문성․효율성을 제고하거나, 행정조사의 기준을 일원화하고 공동조사, 합동조사 등 통합적으로 조사를 실시하는 방안을 고려할 필요가 있다. 대행기관을 운영할 경우 각 행정기관은 조사대행 전문기관의 조사 실태를 평가․감독하는 역할만을 수행하도록 한다. 합동조사의 경우에는 유관 기관이 조사결과를 상호 공유할 수 있도록 하고, 중복분야 중 합동점검이 어려운 사항은 주관부처를 정하여 일괄하여 점검하도록 한다.

그 외에도 조사요건 및 절차개선을 통해 개별 행정조사 요건의 명확화․구체화를 도모할 필요가 있고, 조사절차의 합리적 개선 및 보완, 제재수준의 적정화 작업이 요구된다. 2007년「행정조사에관한기본법」이 제정됨에 따라서 행정조사에 대한 합리화가 상당부분 진전되었다.