전체적으로 볼 때 공공보건의료기관의 확대정책은 시설투자 위주에서 기능과 서비스 확대정책으로 변화하였다. 2005년 12월 수립된 공공의료 확충계획에서는 낙후된 공공보건의료의 총체적 전환을 논의하고 낙후된 지방 공공의료기관의 시설·장비의 현대화를 위해 약 3조 7천억(계획대비 85.6%)을 확보하는 성과를 보였다. 그러나 지역불균형, 필수의료 부족, 의료취약지 등 공공병원을 확충하는 것에 대한 공감대 형성에 실패했다. 또한 시/도, 시·군·구 단위 의료공급 체계 구축의 비효율성이 지적되었다.
이후 공공보건의료에 대한 정책 변화가 있었다. 즉, 공급이 필요한 보건의료서비스에 대해서는 설립주체에 따른 공공과 민간의 구분 없이 육성하고, 의료취약지 해소를 위해 지방의료원 등 지역거점공공병원 신축 및 시설·장비 보강을 위해 총 3,238억원 국고를 지원한다. 또한 취약대상에 대한 의료안전망을 강화하기 위해 신생아 중환자실 지역센터 설치·운영 지원, 어린이 전문병원 설립 지원, 외국인근로자의 의료비 지원한다.
보건복지부장관은 5년마다 공공보건의료 기본계획을 수립하며, 매년 주요 정책의 추진방안을 마련, 보건의료발전계획에 포함하여 수립하도록 하며 이에 따라 공공보건의료기관 확대 계획도 결정된다.