수입식품 검사기관은 크게 식품의약품안전처(근거법령: 식품위생법), 보건복지부(공중위생관리법), 농림수산식품부(축산물가공처리법)가 담당하고 있다. 식품의약품안전처가 운영하는 식품안전관리제도는검사명령제, 수입식품신고 대행제도, 우수수입업체 등록제도, 사전확인등록제도, 국외공인검사기관 운영, 주문자 상표부탁방식 수입식품 관리 등이 있다.
검사명령제는 수입자의 수입식품에 관한 책임의식을 강화하고, 수입자가 문제제품을 수입하지 않도록 하여 수입식품의 안전성 확보를 위하여 운영되며, 식약처장이 대상 영업자에게 식품위생검사기관 또는국외 공인검사기관에 검사토록 명령한다.
우수수입업체 등록제도란 수입자가 식품 등의 수입 전 단계에서 수출국 제조업체의 원재료, 제조공정, 품질관리 수준을 확인ㆍ점검하여 안전한 제품을 수입하는 제도이다.
사전확인등록제란 우리나라에 수입하는 식품 등 제조ㆍ가공업체의 현지조사를 통해 위생관리상태를 확인ㆍ등록하는 제도로서 해당 제품 수입 시 검사를 전부 또는 일부를 생략한다.
식품 등 수입검사결과 부적합 판정을 받은 식품에 대하여 해당 수입자는 식품위생법 시행규칙 규정에 따라 수출국으로의 반송 또는 다른 나라로의 반출, 폐기 등의 조치를 취해야 한다.
보건복지부는 세척제 및 기타 위생용품(일회용 물컵, 숟가락, 젓가락, 이쑤시개, 위생종이)등을 검사하며 농림수산식품부는 수입축산가공식품(식육, 원유, 식육가공품, 우지, 돈지, 유가공품, 알가공품 등)을 검사한다. 또한 정부는 식품안전정보서비스“식품나라” 홈페이지를 운영하면서 국내외 검사부적합 사례를 게시하고 온라인신고제도를 운영하여 관련 정보를 공개하고 있다.