독임제 행정기관은 조직의 의사결정권이 한 사람의 책임자에게 부여되어 있는 조직 형태를 말한다. 이에 비해 합의제 조직은 의사결정권이 여러 사람에게 나누어져 있는 위원회 등의 조직 형태를 말한다. 대부분의 행정조직은 단독형을 띠고 있으며, 각 급 단독형 행정기관에서는 장관·처장·청장 등이 행정에 관해 최종적인 의사결정권을 갖고 있다.
행정기관은 의사결정구조를 기준으로 독임제와 합의제로 구분되는데, 우리나라에서 독임제 중앙행정기관의 일반적 형태는 부(部)·처(處)·청(廳)이고, 합의제 중앙행정기관의 일반적 형태는 행정위원회를 포함한 회의체 형태라고 할 수 있다. 독임제는 최고결정자 1인의 책임과 결정에 의해 이루어지는 반면, 합의제는 여러 사람으로 구성되는 합의체에 조직의 의사결정권을 부여하고, 그 운영 또는 행정이 여러 사람의 합의에 의하여 이루어지도록 하는 조직형태를 갖는다. 합의형 또는 다수지배형이라고도 부르며, 독임제와는 상반되는 개념이다.
독임제기관도 보조기관 내지 자문기관, 보좌기관을 갖추고 있어 여러 명의 공무담당자가 관여하나 독임기관 담당자의 의사와 다른 관여자의 의사의 가치에는 현저한 차이가 있다. 이에 대하여 합의제 기관에 있어서 구성원들의 의사는 같은 가치를 가지고 참여·심의한다는 점에서 차이가 있다.
독임제행정기관은 책임의 소재를 분명히 하고 사무의 통일성, 신속성, 융통성, 비밀성 등을 확보하는 장점을 가지는데 대하여 합의제기관은 참여를 통한 민주성, 신중성, 독립성 등의 장점을 가진다. 행정조직은 원칙적으로 독임제 기관으로 구성되나 독립성, 공정성, 신중성, 민주성 내지 참여의 폭을 넓혀 민주적인 정당성 보완이 필요하거나, 다양한 경험과 아이디어를 수렴할 필요가 있는 경우 등에 합의제행정기관을 설치하는 것이 보통이다.