보훈의학연구소 건립은 국가유공자의 고령화로 고엽제 및 특수 다발성 질환이 증가됨에 따라 보훈의료 대상자 특성에 맞는 의학기능 수행을 위한 사업이다. 또한 상급종합병원 수준의 중앙보훈병원(1,400병상) 운영에 맞는 수준 높은 의학적·정책적 연구지원이 필요하다는 전제에서 추진되었다.
보훈의학연구소의 연구 사업은 크게 2가지로 구분된다. 우선 건립 초기에는 고엽제, 임상의학(노인성질환 등), 보훈의료 정책 등 보훈의료대상자의 주로 의료욕구 분야에 초점을 맞추어 연구를 수행한다. 그리고 2016년 이후부터는 연구용역 등을 통한 타당성 검토 후 연구 분야를 확대하여 줄기세포, 의약품개발 등의 연구로 그 범위를 확대할 계획을 갖고 있다.
이 같은 보훈의학연구소 사업추진 범위는 2014년 9월부터 12월에 걸쳐 진행된 보훈의학연구소 연구용역에 반영되어 있다. 즉, 보훈의학연수소의 주된 역할로 고엽제 연구, 임상의학 연구, 보훈의료정책 연구, 줄기세포 연구, 의약품 및 의료기기 연구를 설정하고 있다. 2017년 완공을 목표로 추진되는 보훈의학연구소는 지하 2층, 지상 5층 연면적 6,526㎡ 규모로 건립되며, 고엽제 관련 질환 연구, 재활·노인성질환·PTSD 등 정신건강 분야 임상연구 3개 연구팀으로 운영된다.