행정관리역량평가 제도는 정부조직의 효율적이고 투명한 운영과 각 부처의 자율적이고 책임 있는 관리역량 제고를 위해 도입하였다. 2006년 이전의 기관평가 모델은 주요정책, 만족도와 함께 기관 역량을 평가하기 시작했는데, 이 세 가지 평가영역은 논리적인 연계성을 갖추고 있다. 즉, 중앙 부처가 정책을 수행할 역량을 갖추고 있는지(역량평가), 그러한 역량으로 정책을 잘 수행하고 있는지(주요정책평가), 정책 수행에 따라 국민은 만족하고 있는지(국민만족도)를 평가하는 것이다.
2006년 이전의 기관평가제도 하에서 조직역량 평가는 해마다 다양한 평가기준에 따라 이루어졌다. 정부가 중요시하는 정책가치와 우선순위에 따라 행정관리역량 평가기준이 달라졌다. 2001년부터 2005년까지 기관역량평가라는 이름으로 운영되었으며, 기존의 정보화 및 국정홍보 노력과 더불어 인사행정 효율성, 사업예산관리, 정책관리 역량을 새롭게 추가되었다. 특히 노무현 정부가 집권한 이후 2004년과 2005년에는 참여정부의 ‘변화와 혁신노력’을 뒷받침하기 위하여 기존의 기관역량평가를 ‘혁신추진역량 평가’로 변경하여 시행하였으며, 세부적으로 기관장의 혁신역량과 혁신관리역량 평가모델이 도입되었다.
2006년 통합정부업무평가제도가 출범할 때 자체평가에는 주요정책, 재정사업, 인사관리, 조직관리, 정보화관리라는 5가지 평가 부문이 있었으며, 특정평가에는 혁신관리, 정책홍보, 규제개혁, 법적 의무권장사항, 위기관리 등이 포함되었다.
2008년에 평가부문 및 평가지표의 축소·조정이 이루어져, ‘인사’, ‘조직’, ‘정보화’, ‘정보공개’, ‘재정성과’, ‘혁신관리’ 등 기관역량 제고 요소들을 자체평가의 ‘기관역량평가’ 부문으로 통합시켰다. 특히 기존의 특정평가 지표에 포함된 ‘혁신관리’, ‘정보공개’ 부문이 자체평가의 기관역량평가를 통해 평가되는 방식으로 전환되었다.
또한, 2000년부터 꾸준히 평가되어 온 ‘정책홍보 관리’와 ‘법적의무·권장사항 이행’ 부문은 2008년 평가에서 제외되었다. 2009년에는 자체평가의 ‘기관역량’ 부문을 ‘행정관리역량’으로 개편하고, 내부적으로 항목 통폐합, 지표 축소를 통해 자체평가의 부담을 경감시켰다.
2011년의 경우 자체평가 방식으로 이루어지던 행정관리역량평가가 특정평가 방식으로 바뀌게 된다. 즉 특정평가의 ‘행정관리 효율화 노력’이라는 평가부문으로 수행된 것이다.
그러나 2012년 특정평가의 ‘행정관리 효율화 노력’의 세부 평가지표가 그대로 자체평가의 ‘행정관리역량’ 부문으로 다시 전환되었다. 2013년의 경우 행정관리역량평가는 여전히 자체평가에 포함되고 있으나, 평가지표가 정부3.0의 핵심가치인 개방, 공유, 소통 등을 강조하는 내용으로 수정되었다. 즉 기존 행정관리역량 평가지표는 조직, 인사, 정보화 관리 등에 초점을 맞추었으나, 2013년 새로운 평가지표는 ‘정부조직의 효율적 운영 및 투명한 지식정부 구현’, ‘효율적인 정부 인사운영’, ‘개방과 공유기반의 창조정부 구현을 위한 전자정부 추진’으로 새 정부 국정기조를 반영하여 개편되었다. 2014년에는 정부3.0 평가가 신설되어 특정평가의 가점 부문으로 포함되면서, 행정관리역량평가지표에서 정부 3.0 정책을 평가하는 내용들은 없어지고 기존의 조직, 인사, 정보화 평가에 초점을 맞추고 있다.