국정과제평가가 특정평가의 한 부문이기 때문에 국정평가의 대상은 42개 중앙행정기관이 된다. 하지만 모든 중앙행정기관이 국정과제를 주관하지 않으므로, 국정과제를 주관하지 않거나 1개만 주관하는 부처의 경우 핵심개혁과제 또는 국정과제 관련 주요정책과제를 선정하여 국정과제에 준하는 평가를 실시하고 있다.
국정과제 평가의 주요 평가항목은 집행이행도, 성과지표 달성도, 정책효과이며, 집행이행도의 경우 당초 계획한 내용대로 충실히 집행하였는지를 정성 및 정량 방식으로 평가하며, 성과지표달성도의 경우 사전에 제시된 성과지표 목표치를 달성하였는지를 정량적으로 평가한다. 정책효과의 경우 성과지표로 측정할 수 없는 정책성과를 종합적으로 판단하며 2014년 이후에는 국민만족도 점수가 평가에 반영되고 있다.
평가방법은 과제별로 각 100점 만점으로 평정하고 부처별로 주관한 과제 점수를 합산하여 평균을 낸다. 평가항목별 평정방법을 살펴보면 집행이행도의 경우 ‘완수과제 수/ 단위과제 수 × 100’ 이며 전년도 평가결과 개선보완사항 이행, 상황대응 등이 미흡 시 감점을 하도록 하고 있다.
성과지표달성도의 경우 성과지표별로 목표달성 여부에 따라 5단계로 평정하고 사전에 설정한 각 지표별 가중치에 따라 합산한다. 이 때 목표치의 적극성을 사전에 심사하여 반영하고, 성과의 질에 따라 점수를 가감한다. 마지막으로 정책효과의 경우 ①목표성과 발생 및 국민인식 정도, ②향후 효과 발생 기대정도, ③국정과제 홍보노력 및 성과, ④국민불편해소, ⑤국민만족도 등을 평정한다.
평가를 위해 분야별 민간전문가, 정책수요자 등으로 “국정과제평가지원단”을 운영하며, 분기별 모니터링을 거쳐 연말에 최종 평가를 실시하고 있다. ‘2014년 국정과제평가결과’에 따르면, 전체적으로는 맞춤형 복지서비스, 경제 활성화 기반 강화 등 국민 체감형 정책을 수행한 부처가 대체로 우수한 평가를 받았다. 기초연금 및 기초생활 개별급여방식의 도입, FTA 추진, 투자 활성화, 규제개혁 등 역점 국정과제의 성과가 반영되었으며 부처 역량집중 및 현장·수요자 중심 정책 추진, 부처간 협업을 통한 과감한 개혁 등이 성과창출의 주요인으로 작용한 것으로 나타났다. 그러나 이에 반해 방산 비리, 세월호 사고 등 국민적 우려를 야기한 사건·사건 관련 정책 및 부처들이 낮은 평가를 받았다.