부처 자율 규제시스템 구축을 위하여 먼저 부처자율 규제개혁 조직을 정비하였다. 중앙부처의 자체규제개혁위원회 설치를 법률에 명시하고 규제가 많은 부처의 경우 분야별 전문소위원회를 설치하여 자체심사를 내실있게 운영하였으며, 규제개혁위원회를 구성할 때 민간·외부 전문가의 참여를 보장하여 전문성을 도모하였다. 또한 자체규제심사위원회 개최 시 충분한 사전검토기회를 부여하는 등 대화 및 토론 중심으로 운영하였고, 규제심사기구 운영, 규제정비계획 수립 및 이행 등을 전담할 부처 자율 규제개혁 전담조직 보강 및 역할을 강화하였다.
둘째, 각 부처의 규제개혁 총괄 업무 담당자의 사기진작을 위하여 일정기간 근무자에 대한 전보 우대, 해외연수기회 우선부여, 규제개혁 추진실적 마일리지 부여 등 규제개혁 인센티브가 도입되었다.
셋째, 정부업무평가에 규제개혁 추진실적을 반영하였으며, 규제정비 온라인 모니터링시스템을 구축하고 규제정비 성과를 홍보하였다.
넷째, 고위 규제정책 연구·토론회 개최, 중앙공무원교육원 전문교육고정 및 규제개혁 실무자 교육과정 등 지속적인 규제개혁에 대한 교육·훈련이 진행되었다.
끝으로 규제개혁의 실효성과 체감도를 제고하기 위하여 각 부처가 주도적으로 규제개혁 중점분야를 선정하여 개선방안을 마련하였으며, 규제현장을 직접 방문, 현장에서 발생하는 문제점을 파악하여 규제를 정비하였고, 규제개혁 사후관리를 강화하였다.