「통합방위법」 제2장 통합방위기구 운용에는 제4조 중앙 통합방위협의회, 제5조 지역 통합방위협의회, 제6조 직장 통합방위협의회, 제7조 협의회의 통합·운영, 제8조 통합방위본부, 제9조 통합방위 지원본부, 제10조 합동보도본부 등에 관한 규정을 두고 있다. 중앙 통합방위협의회 운영 규정은 (1) 국무총리 소속으로 중앙 통합방위협의회를 둔다. (2) 중앙협의회의 의장은 국무총리가 되고, 위원은 기획재정부장관, 교육부장관, 과학기술정보통신부장관, 외교부장관, 통일부장관, 법무부장관, 국방부장관, 행정안전부장관, 문화체육관광부장관, 농림축산식품부장관, 산업통상자원부장관, 보건복지부장관, 환경부장관, 고용노동부장관, 여성가족부장관, 국토교통부장관, 해양수산부장관, 중소벤처기업부장관, 국무조정실장, 국가보훈처장, 법제처장, 식품의약품안전처장, 국가정보원장 및 통합방위본부장과 그 밖에 대통령령으로 정하는 사람이 된다. (3) 중앙협의회에 간사 1명을 두고, 간사는 통합방위본부의 부본부장이 된다. (4) 중앙협의회는 다음 각 호의 사항을 심의한다. (가) 통합방위 정책, (나) 통합방위작전・훈련 및 지침, (다) 통합방위사태의 선포 또는 해제, (라) 그 밖에 통합방위에 관하여 대통령령으로 정하는 사항 (5) 중앙협의회의 운영 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하였다.
중앙통합방위협의회의 연혁은 1968년 무장공비 침투 대비책을 마련하기 위한 치안 관계관 회의 성격으로 제1 야전군사령관 주관으로 최초 회의를 개최하였다. 1·21사태 이후 1969년부터 1989년까지 매년 1월 21일을 전후하여 대통령이 주관하여 회의를 개최하였다. 이후 1990년부터 1995년까지는 대간첩대책본부장(합참의장) 주관으로 개최하였다. 1994년 12월 연합사로부터 평시 작전권을 환수하면서 1995년에 대간첩대책본부와 민·관·군 통합방위 요소를 포함하여 유사시 국가방위요소를 조정·통제할 수 있는 ‘통합방위본부’가 창설되었다. 1995년 부여 간첩침투사건, 1996년 강릉 북한잠수함 침투 사건을 계기로 하여 대통령이 주관하였다. 이때 명칭도 ‘통합방위중앙회의’로 변경되었다. 1998년 이후 대통령 또는 국무총리가 회의를 주재하고 있으며, 2010년부터 ‘통합방위중앙회’를 ‘중앙통합방위회의’로 명칭을 변경(「통합방위법 시행령」 개정)하였다.
중앙통합방위협의회는 「통합방위법시행령」 제3조(통합방위회의 개최 등) “중앙 통합방위협의회의 의장은 국가방위요소별 추진 실적을 평가하고 통합방위태세를 확립하기 위하여 중앙통합방위회의를 연 1회 이상 개최한다.”에 따라 매년 1회 중앙통합방위협의회가 개최되며, 의장인 국무총리와 국무위원, 통합방위본부장(합참의장), 광역시장 및 도지사, 군주요 지휘관, 시·도 통합방위 관계자, 언론사 대표로 구성된 통합방위 최고협의회로써, 매년 통합방위 추진실적을 평가하고 대비방향을 제시한다. 중앙통합방위회의 후 2∼3월에 광역시·도별로 지방통합방위회의가 개최되어 통합방위 대비책, 국가방위 요소의 효율적 육성 및 운용대책, 통합방위 작전 및 훈련 지원대책 등을 협의한다.