WA는 〈기본설립문서〉를 이행함으로써 국제안보와 지역안정에 기여하는 것을 목적으로 하며, 총회(Plenary), 일반실무그룹회의(GWG), 전문가그룹회의(EG)를 중심으로 운영된다. 매년 개최되는 총회는 회원국 간의 정보공유와 교환을 도모하고, 우려국가 혹은 사용자 등을 논의하며, 재래식무기와 기술의 불법 이전을 방지하기 위한 조치를 가시화하고 있다.
WA 〈기본설립문서〉의 주요 내용은 (1) 재래식 무기와 이중용도 품목 및 기술의 불법 축적 방지를 위해 그 이전에 대한 책임을 강화하고, 투명성을 제고하며, (2) 회원국은 국내 입법을 통해 이러한 품목의 이전이 이 체제의 취지에 반하는 군비증강 또는 무기개발에 전용되지 않도록 보장한다. (3) 지역적 상황 또는 한 국가의 행동이 회원국에 심각한 우려가 될 때 재래식 무기와 민감한 이중용도 품목의 획득을 막기 위하여 회원국 간 협력을 강화한다.
WA에서는 품목별 통제 리스트 및 통제 지침을 설정하여 운용하고 있다. (1) 무기류에는 UN 재래식 무기 7대 품목(전차, 장갑차, 야포, 전투기, 공격헬기, 전함, 미사일) 수출허가 사항을 종합한 후, 연 2회 모든 회원국에 통보하도록 하고 있으며, 자발적 통보를 규정하고 있는 특정무기류(이중용도 품목 중 무기 지향적인 품목)는 수출허가 거부 사항을 30일 이내에 모든 회원국에게 통보하도록 규정하고 있다. (2) 이중용도 품목 및 기술(dual-use goods and technologies)은 신소재, 소재가공, 전자, 컴퓨터, 통신장비, 레이저 센서, 항법장치, 해양기술, 추진장치의 9가지 카테고리로 구성되어 있으며, 민감도에 따라 일반품목(Basic List), 민감품목(Sensitive List), 초민감품목(Very Sensitive List)으로 구분하여 관리하고 있다. WA에 입각하여 우리나라는 「전략물자수출입공고」라는 규정을 가지고 있다. WA 관련 통제 물자는 9개 부문(총 189개 통제번호)의 일반 산업용 물자와 방위 산업용 물자(총 22개 통제번호)로 구성되어 있다.
WA에서는 자발적 신고제도를 운용하고 있는데 이중용도 품목 및 재래식 무기를 비회원국으로 이전하거나 수출을 허가 또는 거부한 사실을 6개월마다 모든 참여국에 통보하도록 하는 신고제도가 마련되어 있다. 그러나 이 통보제도는 의무사항이 아니며, 통제품목의 이전 또는 거부의 결정은 각 회원국의 고유 권한이다.
9·11테러이후 WA는 협정에서 정한 통제품목이 테러단체나 우려국가에 이전되는 것을 예방하기 위하여 각국 수출통제체제를 강화하자는 협의를 하였다. 2005년 총회에서는 휴대용대공무기(MANPADS) 통제이행과 정보교환 범위의 확대, 재래식무기 수출거부 품목의 정기적인 통보, 참여국 확대 등에 대한 협의를 이루었다. 우리나라는 WA 회원국으로서 다자간 수출통제체제 의무 사항을 이행하며, WMD 확산 방지 노력에 동참하고 있다. 또한 통제 품목 리스트 결정에 참여하여 국내산업을 보호하는 동시에 군사기술 개발 및 국내기술 선진화를 도모하고 있다.