〈남북화해의 이행과 준수를 위한 부속합의서(이하 ‘부속합의서’)〉는 총 8개장 28개조로 구성되어 있다. 제1장(체제(제도) 인정·존중)에서는 남과 북은 상대방의 정치, 경제, 사회, 문화체제(제도)를 인정하고 존중(1조)하며, 상대방 당국의 권한과 권능을 인정·존중(3조)하기로 하였다. 제2장(내부문제 불간섭)에서는 남과 북은 상대방의 법질서와 당국의 시책에 대하여 간섭(5조)하지 않으며 상대방의 대외관계에 대해 간섭하는 행위를 하지 않는다.(6조) 제3장(비방·중상 중지)에서는 남과 북은 언론·삐라 및 그 밖의 다른 수단·방법을 통하여 상대방을 비방·중상하지 않으며(8조), 상대방의 특정인에 대한 지명 공격을 하지 않기로(9조) 하였다. 제4장(파괴·전복 행위금지)에서 남과 북은 상대방에 대한 테러, 포섭, 납치, 살상을 비롯한 직접 또는 간접, 폭력 또는 비폭력 수단에 의한 모든 형태의 파괴·전복 행위를 하지 않기로 하였다.(15조) 제5장(정전상태의 평화상태에로의 전환)을 위하여 남과 북은 현 정전상태를 남북 사이의 공고한 평화상태로 전환시키기 위하여 ‘남북사이의 화해와 불가침 및 교류·협력에 관한 합의서’와 ‘한반도의 비핵화에 관한 공동선언’을 성실히 이해·준수하기로 하였다.(18조) 또한 남과 북은 현 정전상태를 남북 사이의 공고한 평화상태로 전환시키기 위하여 적절한 대책을 강구(19조)하기로 하였다. 제6장(국제무대에서의 협력)을 위하여 남과 북은 국제기구나 국제회의 등 국제무대에서 상호 비방·중상을 하지 않으며 민족의 존엄을 지키기 위하여 긴밀하게 협조하기로(21조) 하였다. 또한 남과 북은 민족공동의 이익을 도모하기 위하여 재외 공관(대표부)이 함께 있는 지역에서 쌍방 공관(대표부) 사이에 필요한 협의를 진행(23조)하기로 하였다. 제7장(이행기구)에서는 남과 북은 〈남북 사이의 화해와 불가침 및 교류·협력에 관한 합의서〉의 제1장 남북화해에 관한 합의사항의 이행을 위하여 ‘남북화해 공동위원회’를 구성·운영(25조)하기로 하였다. 이 위원회 안에 ‘법률실무협의회’와 ‘비방·중상중지실무협의회’를 두며 그 밖에 쌍방이 합의하는 필요한 수의 실무협의회를 두기로 하였다.(26조) 제8장(수정 및 발효)에서는 이 〈부속합의서〉가 쌍방의 합의에 따라 수정·보충할 수 있음을 규정하였다.(27조)
〈남북기본합의서〉가 실질적인 의미를 가지려면 정치분과위원회, 군사분과위원회, 교류협력분과위원회, 핵통제공동위원회 등 4개 분과위원회에서 구체적 이행방법에 관한 합의가 이루어져야 했다. 구체적 이행방법을 마련하기 위해 남북한은 고위급 본회담과 병행하여 분과위원회별로 협상을 진행하였다. 1992년 3월부터 12월까지 각 분과위원회별로 적게는 7회, 많게는 13회에 걸쳐 협상이 진행되었으나 구체적 이행방법에 관한 합의는 이루어지지 못했다.
분과위원회별로 협상이 난항에 처한 가운데, 북한은 남한이 연례적으로 진행해 온 군사훈련실시계획을 문제 삼으면서, 남한이 군사훈련들을 계획대로 실행할 경우 남북고위급회담 및 기본합의서 실행을 위한 분과위원회회담을 더 이상 개최할 필요가 없다고 선언하였다. 남한은 11월 초 예정대로 ‘화랑훈련’을 실시했고, 그와 병행하여 한미연합의 ‘독수리훈련’을 실시했다. 또한 일시 중단을 선언했던 ‘팀 스피리트’ 한미연합군사훈련을 1993년부터 재개하겠다고 발표했다. 그러자 북한은 1992년 12월 하순 서울에서 개최하기로 합의되었던 제9차 남북고위급회담의 개최를 취소한다고 발표했다. 이에 따란 〈남북기본합의서〉는 구체적 이행방법을 갖추기 못한 상징적인 문서로만 남게 되었다.