우리나라 내수면어업은 1970~80년대 외국산 유용어종 국내도입 이식 등 정부의 적극적인 내수면 양식기술 개발 장려 등을 통해 크게 성장하였다. 그러나 ① 정부의 맑은 물 공급정책과 수질환경 규제 강화로 내수면 어업활동 제약, ② 양어장시설의 낙후 및 사업의 영세성으로 인한 경쟁력 약화, ③ WTO 체제 출범에 따른 전면적인 수입 개방으로 내수면 수산물 수입물량 폭증, ④ 자연환경 훼손 및 수질오염과 불법남획으로 수산자원 감소, ⑤ 외국산 수입 어종에 의한 새로운 질병피해 및 생태계 파괴 등의 문제점이 나타났다. 따라서 내수면을 종합적으로 이용ㆍ관리하고, 수산자원을 보호ㆍ육성하여 어업인의 소득을 증대하기 위한 대책 마련이 필요하였다.
이에 해양수산부는 2002부터 2006년까지 추진하는 〈내수면 어업 발전 기본계획〉의 기본목표로 ①지속적인 수산자원 조성과 보호관리를 통한 내수면 수산자원의 증대, ② 환경친화적이고 경쟁력 있는 내수면양식어업의 개발을 통한 어업인 소득증대, ③ 내수면을 낚시 등 레저자원으로 조성하여 국민의 건전한 휴식처 제공, ④ 내수면 생물생태계의 종합적 관리를 통한 미래 자원화 등을 설정하고, 목표달성을 위해 다음과 같은 추진 전략과 세부과제를 제시하였다.
① 환경 친화적 내수면 고도 양식기술 개발․보급
 - 내수면 양식어종 기술개발 및 보급
 - 생태친화형 내수면 양식기술 및 어장 개발
 - 관상어 양식 육성 개발 및 지원
 - 내수면 양식물의 품질향상과 이용 확대
 - 내수면 양식물 유통체계 확립 및 위생관리 강화
 - 안정적인 질병관리 체제 구축
② 내수면 수산자원의 조성과 보호
 - 내수면 수산자원 조성 및 관리
 - 토산 담수어종 유전자 보존
 - 어장환경 보전 및 개선
 - 내수면 잠재력 조사
③ 자원관리형 내수면 어업의 지속적인 육성
 - 내수면 어업 구조개선사업 추진
 - 내수면 어업 경영안정 지원
 - 내수면 불법어업 근절
 - 자율관리형 어업으로 전환
④ 건전한 내수면 레저 기반조성
 - 내수면 레저 산업기반 조성 및 생태 전시
 - 내수면 레저 관리체계 개선(유어낚시 허가제 등)
 - 민물고기 생태 전시를 통한 친환경 학습 문화 조성
⑤ 체계적이고 자율적인 내수면 관리체제 수립
 - 내수면연구소 조직개편
 - 관련법 제․개정

해양수산부는 이와 같은 과제 추진을 통해 내수면 ① 생산량 : 2001년 18,141톤 → 2006년 30,000톤, ② 생산액: 2001년 1,033억 원 → 2006년 2,160억 원, ③ 어가당 소득: 2001년 26백만 원 → 2006년 42백만 원으로 확대될 것으로 예측하였다.